1、职责不同：疾控中心主要开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急等工作；防疫站负责食品卫生及预防疾病。2、成立时间不同：疾控中心于1983年12月23日成立；防疫站于1953年1月26日成立。3、性质不同：疾控中心是公益事业单位；防疫站由于职能的变化，陆续分离出卫生监督所（局）后，不再使用。