而对应到pheatmap中就是cellwidth和cellheight，设置的就是cell的长和宽。然后使用draw()得到绘制好的图，根据ComplexHeatmap:::width(ht)和ComplexHeatmap:::height(ht)可以获取此时图的长和宽，注意这里包括...
对我们来说重要的是获得这个顺序，然后指定给绘图函数。我们以熟悉的pheatmap为例来探索一下。首先生成示例数据：看看数据长什么样子：默认参数：这时的顺序是按聚类顺序来的。不聚类时，行顺序就是我们的输入矩阵的数据顺序。...
我们可以回去pheatmap函数返回的对象的信息可以看到，返回对象p中包含4个变量，我们可以根据tree_row和tree_col提取出对应的行列顺序提取这些信息有助于我们对数据进行分组，用于后续分析参数列...
我们如果可以强调列与列之间的差别，图就会更加直观了，实现这一目的的办法是将数据按行标准化，用到scale，它既是一个函数，又是pheatmap的一个参数。有两个方法：一个是内部标准化，画图时使用pheatmap自带的scale参数：一...
解读：
pheatmap的annotation_color参数需要一个列表对象，并且列表名要与行和列注释数据框的列名相同，同时列表每个元素的是一个向量，向量名要与变量名相同，手动设置很麻烦，因此就写了一个函数可以自己上传颜色，也可以用默认的...
pheatmap包的运用极为广泛，这里只介绍我常用的参数模型，仅供参考。pheatmap包的安装使用常见报错
突然间发现，我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了.scale是一个值得注意的参数，它旨在说明你想表达什么。关于聚类的几个参数也需要注意。颜色色设定。显示标签。
默认不聚类，如果想要聚类，那就加参数cluster=T。下图是不聚类（p1）和聚类（p2）的对比。聚类算法和pheatmap一致，目前只支持hclust，如果以后有人提需求，我就加上别的算法~还有几个参数可调整，例如是否显示热图行列名...
这里我们还是用方案一随机生成的矩阵，介绍用pheatmap包来绘制热力图。pheatmap包里关于绘制热力图的参数相对来说比较少，可以帮助我们快速的绘图，这里给出一些常用参数：color设置渐变的颜色，通常借助于colorRampPalette函数，...
2024/6/17