法律分析：可以的，有劳动争议的话可以申请劳动仲裁。作为劳动仲裁主体的分公司已经注销，故劳动仲裁主体资格已经消灭，不能再以分公司作为被申请人，而且分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。不能直接和总公司确认劳动关系。分公司终止劳动合同需要支付经济赔偿金。分公司直接承担责任。主要适用于分公司有足够的可控制财产，可以主张分公司独立承担责任。分公司不能承担的总公司承担补充责任。但是，当事人与分公司之间的争议必须是确认劳动关系或者有关劳动报酬等事项的争议，要在仲裁委员会的受案范围之内。法律依据：《中华人民共和国劳动法》。第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。调解原则适用于仲裁和诉讼程序。