运输合同纠纷可以通过协商，调解，仲裁和诉讼方式处理。如果可以协商，由双方当事人按照协议内容处理。托运人对其与承运人存在运输合同关系，以及货物在运输过程中发生毁损、灭失承担举证责任。法律依据：根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第八百零九条 运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。《民法典》第八百一十条 从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求。有合同存在纠纷怎么解决。