民事案件适用指定管辖的情形和管辖权异议的处理。根据《中华人民共和国民事诉讼法》，受移送的案件不属于本院管辖的应报请上级人民法院指定管辖；有管辖权的法院因特殊原因不能行使管辖权时，由上级法院指定管辖；法院之间发生管辖权争议时，由争议双方协商解决或报请共同上级法院指定管辖。管辖权异议应向受理该案的法院提出，法院应慎重审查并作出裁定。若裁定驳回异议，当事人可在判决发生法律效力后申请再审。法律分析；一、民事案件适用指定管辖的情形有哪些。1、民事诉讼中，适用指定管辖的情形如下：(一)受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。(二)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。