农村自建房层高有规定，根据我国相关条例规定，农村建房最高不可以超过5层，此外对每层楼的层高也有规定，建议每层的层高在2.6-3米之间，最高不能超过3.3米。但是这个数字并不是绝对的，会受地区所影响，所以在建房前最好到当地房管局了解具体规定。农村自建房需办理的手续如下：1、农村村民建住宅，首先向集体经济组织提出申请。2、村集体经济组织对申请建房户在醒目的地方进行张榜公示。3、国土资源管理所及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审。4、公布期满无异议后，将符合“一户一基”条件的用地户按规定报乡镇人民政府审核后，报县人民政府审批。5、宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室到实地批放宅基地，并发放选址意见书，规划许可证，施工许可证。