双方商定的流转费归流转方所有。土地流转协议其实就是一种民事合同，合同双方在完全自愿的情况下，达成一致的意向，并且二者之间的合同不容许第三人干涉，这是法律赋予合同最基本的保护。在土地流转合同中，任何组织和个人不得擅自截留、扣留流转费，以保障承包方流转土地承包经营权的收益不被侵犯。根据我国《农村土地承包法》第36条的规定，土地承包经营权流转的转包费、租金、转让费等，应当由当事人双方协商确定。村委会只能调解，而没有权力决定双方之间土地流转的具体收益标准。附：2012年11月5日，民政部网站公布由中纪委、中组部和民政部等12个部委联合印发的《关于进一步加强村级民主监督工作的意见》。