1、接收员工提交的扣除信息。2、发放工资办理全员员额申报。3、将可扣除金额填至扣缴报告表。4、办理扣除计算税款。单位在提交专项附加扣除信息时需要严格按月计算预缴税款，向税务机关办理全员全额纳税申报。若员工未及时报送相关信息，可在以后月份补报，单位在剩余月份发放工资时补扣，不影响纳税人享受专项附加扣除。个税专项扣除怎么申报。专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。具体来讲（1）由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，您可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。首次享受时，需要填写《个人所得税专项附加扣除信息表》并报送给任职受雇单位，单位在每个月发放工资时，像“三险一金”一样，为您办理专项附加扣除。