然后就是通过盐析实验来分析,具体就是通过加入不同浓度的中性盐比如硫酸铵,分级沉淀蛋白质,根据蛋白质沉淀时的盐浓度来判断亲疏水性。
从Sequence菜单下进入Protein,再进入aminaacidcomposition,分析疏水性轮廓以及瞬间疏水性轮廓。不过其实这并没有什么用,因为序列上分析出来的疏水性和实际空间结构表现出的疏水性未必一致。最好的方法还是先测试蛋白质耐盐的稳定...
预测蛋白质的疏水性要通过蛋白质的氨基酸序列,和其折叠后的具体空间结构根据氨基酸序列可以通过软件做大致的估算,分析具体每个氨基酸的亲疏水性,并综合预测整体的亲疏水性根据折叠的情况可以比较准确的预测疏水性。需要去专门...
在网页最下方有一项:Grandaverageofhydropathicity(GRAVY)翻译过来叫亲水性平均系数,若此数值为负值则说明该蛋白为亲水性蛋白,反之为疏水性蛋白。另外,这款软件可以预测蛋白的稳定性,而且这个预测结果是很重要的参考。
利用峰值来判断亲水和疏水主要看峰值百分率。疏水峰值和亲水峰值的百分率,疏水峰值大于0的所占的比例超过50%,可以认为合成的整个蛋白质表现出疏水性,反之为亲水性。
可以根据待测蛋白质氨基酸的组成,含有疏水性氨基酸的比例来预测,一般是球状蛋白质内部的氨基酸~羟基氨基酸
从而改变结构,那么在这些情况下蛋白的疏水残基可能会暴露出来,从而导致蛋白的相互凝集沉淀。所以我们谈蛋白质的疏水性应该是个相对值,即不同的溶剂会导致蛋白的疏水性不同,这是由于蛋白的3、4级结构改变所导致的。
亲水性残基(如氨基酸残基中的赖氨酸、谷氨酸和酪氨酸等)通常位于蛋白质的表面,与水分子形成氢键或离子键相互作用,使蛋白质与水相容。疏水性残基(如氨基酸残基中的亮氨酸、异亮氨酸和苯丙氨酸等)则倾向于躲避水,并靠近膜...
,用它可以得到蛋白质的序列数据,还可以计算蛋白质各种各样的理化性质。ProtParam能够计算的蛋白质参数有:分子量MW,等电点pI,氨基酸组成,原子组成,消光系数,估算半衰期,不稳定性系数,脂溶指数和总平均亲水性。
1、它可用于测定能与探针相结合的蛋白质表面疏水性。2、探针的荧光量子产率与最大发射波波长取决于环境中的极性。3、在水溶液中的荧光量子产率很低,而当它们结合到蛋白质或膜上时,荧光量子产率大为提高,这样可以用来指示...