转录组3’端偏好性

核糖体RNA占比较高时，可能是因为细胞内出现了较多的RNA降解。在全长单细胞转录组中，3’偏好性可用于检测细胞内是否存在大量RNA降解。在上图中，我们对细胞中基因的数量、唯一比对率、基因body比对率、spike_detection等绘...

碱基的合成依靠的是化学反应，这使得碱基链可以不断地从5'端一直往3'端合成并延伸下去。但在这个合成的过程中随着合成链的增长，DNA聚合酶的效率会不断下降，特异性也开始变差，这就会带来一个问题——越到后面碱基合成...

要看情况，总体的测序深度是否够高，如果某个基因或转录本的reads数目仅有1-2条，我们一般认为其确实存在，但是表达量无法准确估计。所以在下结论的时候一般以readscount;1的认为有表达，但是以FPKM;1为可信的表达量，低于该...

因为通过分析流程进行三代数据校正或者加入二代数据辅助校正，提高准确性。2017年2月PacBio试剂升级，加深零模波导孔深度，片段偏好性逐渐降低，提高大片段测序检出率，构建不筛选片段+大于4Kb片段的混合文库可以改善长转录本较多...

建库完成后，采用Illumina的测序仪进行测序，通常进行双端不等长测序。其中5'测28nt检测barcode与UMI，3'测90nt用于定量基因表达。最后，测序完成后，现在的10XGenomics测序仪会同时进行一些简单的数据分析，包括每个样品的数据...

二代测序都需要扩增，扩增过程中就免不了要遇到扩增偏好性问题：有的片段扩增的多，有的片段扩增的少。这就对后续基因的差异表达计算带来误差。第一，扩增循环数会尽量控制；第二，有很多算法或方法可以尽量控制误差，

首先看下fastq数据前几行了解数据大概内容。因为是PE测序，所以两个文件都分别看下zcatSRR35959_1.fastq.gz|head-n8和zcatSRR35959_2.fastq.gz|head-n8。可以看出fastq数据每条read的记录由4行组成...

强烈的3'偏好，高丰度转录本被优先扩增，至少需要400pg总NRA。3Drop-seq基于使用微流控技术快速分析数千个细胞的策略，将单个细胞封装在微滴中进行分析。Drop-seq步骤：1 从组织中制备单细胞悬液；2 准备...

与常规10X单细胞转录组测序把barcode和UMI序列放在3'端不同，V(D)J测序要把barcode和UMI序列放在5'端。样本逆转录的cDNA经过扩增后可以一分为二，一部分做5'端scRNA测序，另一部分用富集引物扩增V(D)J序列测序。在...

生姜17,226对等位基因中，11.9%在转录水平表现出染色体偏好性（图2）。该研究发现生姜基因组杂合度3.6%，是目前已报道杂合度最高的植物基因组。重复序列高，其中长末端片段重复(longterminalrepeats，LTRs)占61.06%，...