农村合作医疗在市里住院应该怎么报销

这属于异地报销，将异地就医人员住院医疗费用等信息经国家异地就医结算系统实时传送至参保地经办机构，参保地经办机构根据大类费用按照当地规定进行计算，区分参保人员个人与各项医保基金应支付的金额，并将计算结果经国家异地就医结算系统回传至就医地定点医疗机构，用于定点医疗机构与参保人员直接结算。

法律依据：《人力资源社会保障部 财政部关于做好基本医疗保险跨省异地就医住院医疗费用直接结算工作的通知》三、规范异地就医流程

(五)规范转出流程。参保人员跨省异地就医前，应到参保地经办机构进行登记。参保地经办机构应根据本地规定为参保人员办理异地就医备案手续，建立异地就医备案人员库并实现动态管理。参保地经办机构将异地就医人员信息上报至人力资源社会保障部社会保险经办机构(以下简称部级经办机构)，形成全国异地就医备案人员库，供就医地经办机构和定点医疗机构获取异地就医参保人员信息。

(六)规范结算流程。参保人员异地就医出院结算时，就医地经办机构根据全国统一的大类费用清单，将异地就医人员住院医疗费用等信息经国家异地就医结算系统实时传送至参保地经办机构，参保地经办机构根据大类费用按照当地规定进行计算，区分参保人员个人与各项医保基金应支付的金额，并将计算结果经国家异地就医结算系统回传至就医地定点医疗机构，用于定点医疗机构与参保人员直接结算。

(七)强化跨省综合协调。部级经办机构按照《基本医疗保险跨省异地就医住院医疗费用直接结算经办规程(试行)》(见附件，以下简称经办规程)负责协调和督促各省(区、市)按规定及时拨付资金。对无故拖延拨付资金的省份，部级经办机构可暂停该省份跨省异地就医直接结算服务。各省级经办机构负责协调和督促统筹地区及时上缴跨省异地就医预付及清算资金。

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